Тормозная система автомобиля BMW X5 Е53 считается одной из самых лучших среди всех внедорожников. Ее передние диски являются вентилируемыми, а задние (которые несколько больше по своему диаметру) – нет (кроме версии 4.4i). На автомобиле в базовой комплектации устанавливается система распределения тормозных усилий, а также ABS. Кроме того, как в других моделях BMW, в X5 Е53 реализована надежная система контроля износа тормозных колодок, которая выдает сообщения водителю о том, каков их ресурс и необходимо ли их менять. Вся эта информация отображается на передней панели салона автомобиля.