Очень хорошо себя зарекомендовавшая циркуляционная система охлаждения двигателя с двумя контурами, наряду с другими моделями компании реализована и в BMW Е65. Конструкторы, по-видимому, решили не изобретать велосипед и пошли хорошо известным путем, установив на эту машину надежный радиатор, термостат, датчик температуры, расширительный бачок, вязкомуфту и некоторые другие необходимые компоненты и связав их воедино. При этом большинство владельцев BMW Е65 отмечают, что некоторые недочеты, которые были присущи более ранним моделям, в этой машине успешно решены и двигатель никогда не перегревается.