Автомобили BMW Е46 построены по так называемой «универсально-кузовной» схеме, в которой несущую конструкцию образуют передняя и задняя балки (то есть лонжероны), к которым, по сути дела, и крепятся все остальные элементы конструкции. Основной материал, из которого изготовлен кузов этой машины – высококачественная сталь, однако есть и элементы, произведенные из пластика (например, передний и задний бамперы, решетка радиатора, накладки колесных арок). В целом кузова BMW Е46 зарекомендовали себя хорошо, однако в специфических российских условиях эксплуатации некоторые их детали (днище, пороги) подвержены повышенному риску коррозии.