Все автомобили BMW X5 Е53 укомплектовываются двумя видами коробок передач: пятиступенчатыми механической и автоматической. Кроме того, опционально возможна и установка шестиступенчатой «механики», однако такие варианты комплектации этого «джипа» встречаются довольно редко. Надежность КПП автомобилей баварского концерна ни у кого не вызывает сомнений, поскольку она постоянно подтверждается практикой эксплуатации этих устройств. В «автоматах» реализована функция распознавания стиля вождения, к которому они самостоятельно адаптируются. Правда, «механика», устанавливаемая на BMW X5 Е53, традиционно «прожорлива» и требует периодической заправки маслом.