Поскольку BMW Е65 является динамичным и скоростным автомобилем, то он просто обязан иметь очень надежную тормозную систему. Таковой и снабдили его разработчики: и на передних, и на задних колесах установлены дисковые вентилируемые тормоза, причем реализованы они по известной двухконтурной системе, которая спасла от больших неприятностей не одну сотню водителей. Дело в том, что при повреждении одного контура второй продолжает работать «за себя и за того парня». В базовой комплектации тормозная система BMW Е65 оснащается чувствительными датчиками контроля износа колодок и ABS.